时间依赖
GTEx_donor_time_science.txt
该文件记录的是 GTEx 项目中样本的内部生物钟时间(circadian phase),是通过对同一个人的多个组织样本进行分析,基于其相对生物钟相位整合得出的,与具体的死亡时间无关。这个时间信息用于研究基因表达的节律性变化,帮助识别基因表达在一天中的周期性波动模式。
Adipose-Subcutaneous.txt
该文件是 GTEx 项目中的一个基因表达矩阵文件,包含了不同样本(如 GTEX.1117F.0226.SM.5GZZ7、GTEX.111CU.1826.SM.5GZYN)中各基因的表达值,这些样本的基因表达水平会随时间变化而变化,反映了基因表达的动态特性。
总之,GTEx_donor_time_science.txt 提供了样本的生物钟时间信息,而 Adipose-Subcutaneous.txt 记录了基因在不同样本中的表达值,两者结合可用于分析基因表达的节律性变化。
EnsemblID | GTEX.1117F.0226.SM.5GZZ7 | GTEX.111CU.1826.SM.5GZYN |
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ENSG00000227232.5_WASH7P | 0.593522396 | -0.428585659 |
ENSG00000279457.4_RP11-34P13.18 | -0.032431103 | -0.45964808 |
ENSG00000228463.9_AP006222.2 | -0.322835639 | 0.716661367 |
qvals.FEMALE | model.c.MF | a.MALE | b.MALE | a.FEMALE | b.FEMALE | a.YOUNG | b.YOUNG | a.OLD | b.OLD |
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NA | NA | -0.034078774 | -0.01731622 | -0.039345548 | 0.123409216 | -0.048164191 | 0.049796277 | -0.001485775 | 0.004269618 |
NA | NA | -0.043788263 | -0.022487131 | -0.006810852 | -0.036384401 | 0.023961227 | -0.048461562 | -0.084999019 | 0.029419573 |
NA | NA | -0.109271382 | 0.171790707 | -0.19416629 | 0.333635442 | 0.00645765 | 0.174725872 | -0.166594041 | 0.223768696 |