Jun 01, 2025 3:46 AM
Jun 01, 2025 4:07 AM

时间依赖

GTEx_donor_time_science.txt

该文件记录的是 GTEx 项目中样本的内部生物钟时间(circadian phase),是通过对同一个人的多个组织样本进行分析,基于其相对生物钟相位整合得出的,与具体的死亡时间无关。这个时间信息用于研究基因表达的节律性变化,帮助识别基因表达在一天中的周期性波动模式。

Adipose-Subcutaneous.txt

该文件是 GTEx 项目中的一个基因表达矩阵文件,包含了不同样本(如 GTEX.1117F.0226.SM.5GZZ7、GTEX.111CU.1826.SM.5GZYN)中各基因的表达值,这些样本的基因表达水平会随时间变化而变化,反映了基因表达的动态特性。

总之,GTEx_donor_time_science.txt 提供了样本的生物钟时间信息,而 Adipose-Subcutaneous.txt 记录了基因在不同样本中的表达值,两者结合可用于分析基因表达的节律性变化。

EnsemblID GTEX.1117F.0226.SM.5GZZ7 GTEX.111CU.1826.SM.5GZYN
ENSG00000227232.5_WASH7P 0.593522396 -0.428585659
ENSG00000279457.4_RP11-34P13.18 -0.032431103 -0.45964808
ENSG00000228463.9_AP006222.2 -0.322835639 0.716661367
qvals.FEMALE model.c.MF a.MALE b.MALE a.FEMALE b.FEMALE a.YOUNG b.YOUNG a.OLD b.OLD
NA NA -0.034078774 -0.01731622 -0.039345548 0.123409216 -0.048164191 0.049796277 -0.001485775 0.004269618
NA NA -0.043788263 -0.022487131 -0.006810852 -0.036384401 0.023961227 -0.048461562 -0.084999019 0.029419573
NA NA -0.109271382 0.171790707 -0.19416629 0.333635442 0.00645765 0.174725872 -0.166594041 0.223768696